Независимая Федерация футбола Кыргызской Республики (ФФКР) была образована 25 февраля 1992 года. ФФКР осуществляет контроль и управление футболом и мини-футболом (футзалом). Занимается организацией и управлением сборных страны, различных турниров, поддержкой, развитием и популяризацией футбола на всей территории Кыргызстана. ФФКР проводит национальные чемпионаты страны совместно со второй в стране футбольной организацией - Футбольной лигой Кыргызстана (ФЛК).
В 1994 году ФФКР стала полноправным членом Международной федерации футбола (ФИФА) и Азиатской футбольной Конфедерации (АФК).
В 1997-2014 годах являлась членом ФФЦЮА, с 2015 года член ФАЦА.
Руководители ФФКР:
С декабря 2012 г. - Семетей Султанов
Декабрь 2008-2012 - Айбек Алыбаев
1992-2008 - Амангельды Муралиев