11 октября 2003 г. подписан указ №328 президента КР о создании Научно-исследовательского института хирургии сердца и трансплантации органов.
За ним последовало постановление Правительства КР №786 от 19 декабря 2003 г. о создании Научно-исследовательского института хирургии сердца и трансплантации органов.
8 января 2004 г. приказом №2 министра здравоохранения КР Мамытова Миталыпа Мамытовича, на базе кардиохирургический отделений НЦКТ был организован Научно-исследовательский институт хирургии сердца и трансплантации органов при Национальном центре кардиологии и терапии при Министерстве здравоохранения Кыргызской Республики (НИИХСТО).
НИИХСТО является государственной лечебно-профилактической, научно-исследовательской организацией здравоохранения третичного уровня, предоставляющей специализированную медико-санитарную помощь в области сердечно-сосудистой хирургии и трансплантации органов и осуществляющей лечебно-профилактическую и научную деятельность.