В 1999 году награжден медалью "Данк".

С 1999 года возглавляет советы директоров промышленной группы "Форум", АО "Кыргызавтомаш", АО "Электротехник", АО "Конструкторско-технологический институт "Агромаш".

Лидер и сопредседатель Социал-демократической партии КР (СДПК).

Лидер Народного конгресса Кыргызстана (2005).

Был кандидатом в Президенты в 2000г.

последние годы находился в оппозиции президенту Акаеву.

Был одним из организаторов митинга 24 марта 2005.

28 апреля 2005г. жители села Акташ Ошской области КР выдвинули А.Атамбаева кандидатом на пост президента.

Однако 13 мая 2005 года А.Атамбаев объявил о том, что не будет баллотироваться в Президенты КР, в связи с созданием тандема К.Бакиева и Ф.Кулова.

22 мая 2007 года Атамбаев заявил о том, что на него покушались: "Меня отравили в моем рабочем кабинете. Дали стакан воды, я выпил, после чего два дня находился без сознания". Неделей ранее он сообщил, что после того, как правительство КР приняло решение национализировать ГОА "Кристалл", ему стали угрожать физической расправой. По словам Атамбаева, причиной отравления мог быть конфликт вокруг национализации "Кристалла". Он заявил, что несмотря ни на что намерен "стоять до конца и претворить в жизнь все цели". На основании медицинского заключения по факту отравления госкомитет национальной безопасности возбудил уголовное дело по статье "Посягательство на жизнь государственного деятеля". Сам премьер-министр отбыл в Турцию, чтобы пройти курс лечения, что многие сочли подтверждением того, что Атамбаев опасался за свою безопасность на родине. Уже в ноябре 2007 года дело было прекращено "за отсутствием события преступления", поскольку следствием не было получено доказательств, свидетельствовавших о факте отравления. 

Ноябрь 2007 г. награжден орденом «Данакер» за вклад в социально-экономическое развитие страны и сохранение межнационального согласия.