Женат, супруга Вера Михайловна — инженер-химик. Двое взрослых сыновей, два внука.

Отец - Николай Иванович, родом из Сибири, прошел войну солдатом от Волги до Австрии, затем трудился водителем, умер в 1994 году. Мать - Нина Яковлевна, училась в Ленинградском военно-механическом институте, пережила блокаду. После войны получила высшее финансовое образование, работала бухгалтером. Скончалась в 2007 году. 

Сергей Николаевич Лебедев прошел в разведке все ступени карьеры - от оперуполномоченного до руководителя Службы. 

Воинское звание - генерал армии.

Многократно выезжал в загранкомандировки: ГДР, ФРГ, Западный Берлин, объединенная Германия.

Награды:

Награжден орденом и восемью медалями. Является членом Совета безопасности РФ. Входит в состав попечительского совета Всероссийского физкультурно-спортивного общества "Динамо".

Хобби - работа, семья, дача. Предпочитает узбекскую кухню, любимое блюдо – манты.