Женат, жена - Лариса Викторовна. Сын - Юсуф 1990 г.р.

Вагит Алекперов - младший ребёнок в семье, три сестры и брат. Отец - Юсуф Кербалаевич Алекперов, азербайджанец работал на нефтепромыслах, умер, когда Вагиту было три года. Мать - Татьяна Федорова, казачка.

Автор монографии «Вертикально интегрированные нефтяные компании России: методология формирования и реализации».

Награждён орденами «Дружбы народов» и «Знак Почета», медалью «За освоение и развитие нефтегазового комплекса в Западной Сибири». За заслуги в развитии экономических связей между Азербайджаном и Россией награждён орденом «Славы».

Состояние Алекперова оценивается в $12,2 млрд (восьмое место по размеру состояния среди российских предпринимателей на начало 2007 года по данным Forbes).

По информации газеты «Коммерсант», по контракту с «Лукойлом» Вагит Алекперов ежегодно зарабатывает $1,5 млн. Кроме того, он имеет право на ежегодную премию в размере полутора годовых окладов ($2,225 млн.), если компания под его руководством достигнет определенных задач, установленных ежегодным планом по прибыли, добыче нефти и росту нефтяных резервов. Но и эта сумма не является основным доходом Алекперова.

О вкусах и возможностях Вагита Алекперова красноречиво свидетельствует факт покупки президентом «Лукойла» в 1995 году первого образца гражданского самолета Як-142, получившего высшую оценку комфортабельности и безопасности самолетов бизнес-класса. Стоимость самолета - около $20 млн.