Авиакомпания «Эйр Манас» образовалась на базе ранее существовавшей авиакомпании, которая занималась выполнением чартерных рейсов с 2006 года. В конце 2012 года на основе ранее существовавшей одноименной авиакомпании была создана новая кыргызская авиакомпания «Эйр Манас», где 51% принадлежит кыргызской стороне и 49% - компании «Пегасус Эйрлайнс».