Государственное агентство по финансовому надзору и отчетности при Правительстве Кыргызской Республики создано Указом Президента Кыргызской Республики №419 от 30 сентября 2005 года на базе Государственной комиссии при Правительстве Кыргызской Республики по рынку ценных бумаг, Государственной комиссии при Правительстве Кыргызской Республики по стандартам финансовой отчетности и аудиту и Агентства по развитию небанковского финансового сектора Министерства финансов Кыргызской Республики.
В соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики от 16 марта 2007 года № 96 «Об организационных мерах по реализации положений Закона Кыргызской Республики «О структуре Правительства Кыргызской Республики» Государственное агентство по финансовому надзору и отчетности при Правительстве Кыргызской Республики преобразовано в Службу надзора и регулирования финансового рынка Кыргызской Республики.
Служба надзора и регулирования финансового рынка Кыргызской Республики в соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики «О мерах по обеспечению реализации Закона Кыргызской Республики «О структуре Правительства Кыргызской Республики», согласно которому в целях принятия мер, направленных на обеспечение реализации Закона Кыргызской Республики «О структуре Правительства Кыргызской Республики» от 22 октября 2009 года № 283, Служба надзора была преобразована в Государственную службу регулирования и надзора за финансовым рынком при Правительстве Кыргызской Республики (далее-Госфиннадзор).
Госфиннадзор является уполномоченным государственным органом Кыргызской Республики, осуществляет работу и проведение единой государственной политики на финансовом рынке Кыргызстана, обеспечивает регулирование и надзор за рынком ценных бумаг, деятельностью небанковских финансовых учреждений (страховые компании, негосударственные пенсионные фонды, лотерейная и игорная деятельность) стандартами финансовой отчетности и аудиторской деятельностью, принимает участие в международном сотрудничестве по вверенным ей направлениям.
Госфиннадзор в своей деятельности руководствуется Конституцией Кыргызской Республики, законами Кыргызской Республики, указами и распоряжениями Президента Кыргызской Республики, постановлениями и распоряжениями Правительства Кыргызской Республики, международными договорами, вступившими в силу в установленном порядке, а также другими нормативными правовыми актами Кыргызской Республики и Законом Кыргызской Республики «О Государственной службе по регулированию и надзору за финансовым рынком Кыргызской Республики».