С момента приобретения независимости, то есть с 1991 года, в Минстрое было 15 руководителей. Некоторые возглавляли ведомство всего месяц, некоторые дважды, а некоторое — по 5 лет.
До 2025 года ведомство было Государственным агентством строительства, архитектуры и ЖКХ. В феврале 2025 года получило статус министерства.
С 2023 года по настоящее время им руководит Нурдан Орунтаев. Он считается самым молодым руководителем Минстроя — возглавил в возрасте 35 лет.
С января 2023 года по ноябрь 2023 года директором Госстроя был Жыпаркулов Мырзабек Жыпаркулович.
В 2022-2023 годах Госстроем руководил Джетыбаев Нуртазин Алымкулович.
В 2021–2022 годах Госстрой возглавлял Сатышов Токтомамбет Сатышович.
С июня по июль 2021 года руководителем был Калманбетов Уланбек Кыдыкович.
В 2020–2021 годах Госстрой возглавлял Кокочаров Урматбек Курманбекович.
В 2016-2020 годах директором был Абдиев Бактыбек Абышевич.
В 2013–2016 годах — Мамбетов Турдубек Мамбетович.
В 2008–2013 годах — Нарбаев Каныбек Жайчиевич.
В 2005–2008 годах Госстроем руководил Кадырбеков Ишенбай Дюшенбиевич.
В 2002–2005 годах — Турсунов Анвар Турсунбаевич.
В 2001–2002 годах — Табылдиев Тынычбек Табылдиевич.
С 1996 года — Моисеев Александр Сергеевич.
В 1995–1996 годах — Ибраимов Эмиль Арисович.
В 1991-1995 годах — Кадырбеков Ишенбай Дюшенбиевич.