2011-2017 гг. - генеральный директор ОсОО "Алыш Сервис".

Августа 2017 - 2019 - помощник полномочного представителя правительства КР в Иссык-Кульской области; (с марта 2017 года по 24 июля 2018 года полпредом был Узарбек Жылкыбаев. Сейчас этот пост занимает Акылбек Осмоналиев).

2019 г. - начальник службы маркетинга и организации досуга ГУ "Государственная резиденция президента КР №2".

14 мая 2019 г. - избран мэром г.Балыкчи, набрав 22 голоса из 31.

28 февраля 2020 г. написал заявление об уходе с занимаемой должности по собственному желанию. Премьер-министр КР М.Абылгазиев подписал соответствующее распоряжение.

Марат Кудайбергенов выдвинул свою кандидатуру в депутаты горкенеша. 

Женат. Супруга - Кундуз Дамирбек кызы.

Отец - Кудайбергенов Сагын Ташболотович, депутат Балыкчинского городского кенеша от партии Замандаш.

Дядя (брат отца) - Кудайбергенов Жыргал Ташболотович (03.12.1971), депутат Балыкчинского городского кенеша от партии Замандаш.